2010년 7월 28일, 중2병 광기남 오카베 린타로는 마유리와 함께 라디오 회관 옥상에서 뜬금없이 처박힌 인공위성 같은 물체를 목격하고, 아래층으로 내려와 마유리에게 초레어 아이템인 메탈 우파를 뽑아줘.

이후 닥터 나카바치의 타임머신 강연장을 찾은 오카베는, 그 발표가 10년 전 존 타이타가 인터넷에 남긴 내용을 그대로 베껴 쓴 표절작이라는 걸 알고 격분해 난동을 부리지. 그 순간 사이언스지에 논문까지 낸 천재 소녀 마키세 크리스가 난입해 그를 끌고 나오는데,

그녀는 15분 전에 자기를 만났지 않냐며 이상한 소리를 퍼부어대.

당황한 오카베는 꺼진 휴대폰으로 통화하는 척 연기를 하며 급히 도망치고, 직후 노이즈로 뒤범벅된 의문의 메일을 받게 돼.

다시 회장으로 돌아온 오카베는 피비린내 나는 비명 소리를 따라 달려갔다가,

처참하게 피 웅덩이 속에 처박혀 쓰러진 크리스의 시체를 눈으로 똑똑히 목격해 버려.

공포와 절망에 미쳐버린 오카베는 경찰 신고는커녕 마유리의 손을 낚아채고 라디오 회관에서 정신없이 도망치며,

라보에 있던 다루에게 크리스가 찔렸다는 메일을 날려. 

그런데 전송 버튼을 누르자마자 뇌를 짓눌러오는 기괴한 현기증과 함께 거리에 가득했던 사람들이 순식간에 흔적도 없이 증발하고,

라디오 회관 옥상에는 아까 그 위성이 잔인하게 내리꽂혀 있었지.

같은 날 오후, 혼란을 안고 참석한 ATF 세미나에서 오카베는 분명 피를 흘리며 죽었던 크리스가 멀쩡히 살아 숨 쉬며 돌아다니는 놀라운 광경을 목격해. 오카베가 보낸 메일은 5일 전의 다루 휴대폰으로 작게 나뉘어 도착해 있었고,

자신이 기억하는 잔혹한 현실과 타인들의 기억 사이에는 아득한 구멍이 뚫려 있었어.

강연장에서 시간 여행의 불가능을 외치는 크리스와 대립하며 짓눌린 오카베는,

라보로 돌아가는 길에 미스터 브라운에게 번개속도로 알바생으로 채용되는 아마네 스즈하와 마주치게 돼.

7월 29일, @채널에서 자신이 알던 기억과 달리 2000년에는 간 적이 없다는 존 타이타를 발견한 오카베는 기괴한 위화감을 느껴.

찜찜함을 안고 메이퀸 냥냥으로 향하던 중, 도촬을 감행하는 수상한 인물 키류 모에카와 얽혀 환상의 레트로 PC ‘IBN 5100’의 존재를 알게 되지.

이후 라보로 돌아와 가전제품으로 뚝딱거린 ‘미래 가젯 8호(전화렌지)’로 바나나를 돌리자,

바나나가 알 수 없는 젤리 상태로 으깨져 원래 송이에 되붙어버리는 기이한 현상이 일어나.

마침 호기심을 품고 라보를 찾은 크리스가 이 끔찍한 실험을 목격하고 라보멤으로 합류하며,

이 어처구니없는 전자레인지가 과거로 메일을 쏘아 보내는 진짜 타임머신이라는 정신 나간 진실이 밝혀지게 돼.

바로 이때, 오카베는 존 타이타와 개인 메일을 주고받으며 충격적인 정보를 듣게 돼.

2036년 미래에서 왔다는 타이타는 "미래는 거대 연구 기관 SERN이 타임머신 기술을 독점해 세상을 지배하는 피비린내 나는 디스토피아"라며, SERN이 이미 수십 년 전부터 비밀리에 타임머신을 연구해 왔다는 사실을 폭로해. 자신들이 얼떨결에 만든 전화렌지가 SERN의 비밀 연구와 연결되어 있음을 직감한 오카베는, SERN의 진짜 정체를 파헤치기 위해 다루에게 SERN의 서버를 해킹하라고 다급하게 지시하지.

다음 날, SERN을 해킹한 다루의 모니터 너머로 인간을 생체 실험용 모르모트로 써먹고 젤리로 짓개어버린 ‘Z 프로그램’의 참혹한 비극이 모습을 드러내.

SERN의 암호화된 비밀 데이터베이스를 풀기 위해 IBN 5100이 필요함을 깨달은 오카베는, 그 PC가 야나바야시 신사에 봉납되어 있다는 사실을 알아내 라보로 짊어지고 와. 그렇게 SERN의 끔찍한 인체실험 잔혹사를 전부 알게 되어 ‘세계의 지배 구조를 부수겠다’며 광기 가득한 선언을 날리고, D메일 실험에 박차를 가하다 급기야 기억을 과거로 쏘아 보내는 ‘타임 리프 머신’ 개발로까지 치달아가지.

과거로 보내는 D메일 실험을 강행하자 순간 뇌를 찢는 듯한 강렬한 어지럼증과 함께 세계선이 뒤틀려버려.

오카베만이 다른 이들의 기억이 통째로 리셋된 세계의 변동을 온몸으로 기억하고 있었고,

존 타이타를 통해 자신이 세계선 변동 후에도 기억을 유지하는 유일무이하고 고독한 능력 ‘리딩 슈타이너’를 가졌음을 자각하게 돼.

그러나 비극은 소리 없이 다가오고 있었어. 모에카, 루카, 페이리스의 D메일 요구를 받아주어 세계선이 난장판이 되어가는 와중에,

스즈하가 아버지를 찾지 못하고 아키하바라를 떠나는 비극을 막으려 오카베는 또 D메일을 쏘아대.

그리고 크리스가 타임 리프 머신을 완성해 환호하던 그 처절하도록 잔인한 밤,

마유리의 회중시계가 뚝 멈춰 서. 직후 모에카가 이끄는 SERN의 살인 집단 ‘라운더’가 들이닥쳐 총구를 겨누고,

오카베의 눈앞에서 마유리의 머리가 뚫리며 피를 뿌리고 즉사해 버려.

난입한 스즈하의 도움으로 미완성 타임 리프 머신을 작동시켜 과거로 절규하며 도망친 오카베였지만,

시간을 아무리 돌려도 마유리의 절망적인 죽음의 수속에서 벗어나지 못해.

타임 리프 후 스즈하의 정체가 미래에서 온 존 타이타이자 다루의 딸이라는 진실을 알게 된 오카베. 알파 세계선의 미래는 SERN의 피비린내 나는 디스토피아로 확정되어 있었고, 마유리를 살리고 이 미친 굴레를 끊으려면 자신이 처음에 보낸 ‘최초의 D메일’을 SERN의 서버에서 지워 베타 세계선으로 도망쳐야만 했어.

'최초의 D메일'을 지우기 위해선 IBN5100의 회수가 필요했는데 그것을 위해 스즈하의 고장 난 타임머신을 고쳐 1975년으로 보내지만.

수리 미숙으로 기억상실에 빠진 스즈하가 35년을 절망 속에 썩어가다 유서 한 장을 남기고 자살했다는 참혹한 결과와 마주해.

오카베는 피눈물을 흘리며 D메일을 보내, 그녀가 아버지와 만나지 못하지만 임무를 완수할 수 있게 만들어,

그렇게 점점 더 마유리의 죽음을 늦추며 과거의 D메일들을 하나씩 무효화하는 처절한 되돌리기를 시작해.

마지막 남은 모에카의 D메일을 되돌리기 위해 그녀의 집에 들이닥쳤지만,

상사 FB에게 버려져 정신이 나가버린 모에카와 피 튀기는 육탄전을 벌이게 돼.

오카베는 FB의 정체가 자신들의 집주인 미스터 브라운이라는 가혹한 진실을 밝혀내고,

미스터 브라운이 머리에 총을 쏴 자살하는 비극 끝에 권총과 휴대폰을 빼앗아 마침내 모에카의 D메일까지 깔끔하게 지워버려.

그러나 모든 D메일을 다 되돌리고 IBN 5100을 손에 쥔 오카베를 기다리고 있던 건,

신이 내린 가장 악랄하고 잔인한 형벌이었어.

최초의 D메일을 지워 마유리가 사는 베타 세계선으로 넘어가면,

'마키세 크리스가 라디오 회관에서 피를 흘리며 죽어가는 세계선'으로 복귀한다는 진실을 깨달은 거야.

마유리를 살리면 크리스가 죽고, 크리스를 살리면 마유리가 죽는 외통수.

오카베가 절망에 빠져 미쳐가는 모습을 본 크리스는,

마유리를 위해 스스로 죽음을 받아들이겠다며 오카베에게 자기를 버리라고 나직하게 설득해.

처절한 눈물의 입맞춤과 피할 수 없는 사랑의 고백을 나눈 뒤,

크리스의 고백이 다 끝나지도 않은 순간 오카베는 최초의 D메일을 지워버리고,

크리스가 사라진 세계선으로 처참하게 튕겨나가게 돼.

크리스를 제물로 바쳐 마유리를 살려낸 오카베는 껍데기만 남은 채 절망 속에 썩어가고 있었어.

그때 옥상에서 다시 타임머신을 타고 나타난 베타 세계선의 스즈하가

제3차 세계 대전으로 인류가 멸망하는 피비린내 나는 미래를 막으려면 7월 28일에 죽은 마키세 크리스를 구해내야 한다고 말해.

오카베는 지옥에서 돌아온 스즈하와 함께 과거로 넘어가 크리스를 구하려 하지만,

광기에 찬 크리스의 아버지 닥터 나카바치와 육탄전을 벌이던 중,

아버지를 가로막아 선 크리스의 몸에 오카베 자신의 손으로 직접 칼을 처박아버리는 비참하고 끔찍한 실수를 저지르고 말아.

손에 붉은 피를 적신 채 죽어가는 크리스를 품에 안고 비명을 지르며 완전히 미쳐버린 오카베는 모든 것을 포기하려 해.

그때, 오카베의 따귀를 사정없이 후려갈기는 마유리의 질타에 정신을 차린 오카베는,

2025년의 '33살 중2병 자신'이 보내온 D메일을 확인하게 돼.

진실은 잔혹하면서도 명쾌했어. "크리스를 구하려면 반드시 한 번은 네 손으로 크리스를 찌르고 실패해야만 했다."

7월 28일의 과거의 오카베가 '피에 젖어 쓰러진 크리스'를 관측한다는 확실한 결말(수속)을 그대로 유지한 채,

과거의 자신을 철저히 속여넘겨 크리스의 목숨만 건져내는 미친 작전,

통칭 ‘오퍼레이션 스쿨드’! 비로소 광기의 광대 호오인 쿄우마로 완벽히 부활한 오카베는 다시 피비린내 나는 과거로 뛰어들어.

오카베는 과거의 자신보다 먼저 메탈 우파를 뽑아 나카바치의 논문 봉투가 공항 탐지기에 걸려 불타도록 판을 짜두고,

크리스를 테이저건으로 기절시킨 뒤 준비해온 가짜 피를 꺼내지만, 말라붙어 있자,

주저 없이 자신의 복부에 직접 칼을 맞으며 미친놈처럼 핏방울을 터뜨려. 나카바치를 스턴건과 광기로 쫓아내고,

억지로 자신의 상처를 후벼파 피바다를 만든 뒤 그 위에 기절한 크리스를 눕혀놓지.

그렇게 7월 28일의 오카베가 피에 젖은 크리스를 목격하게 만듦으로써 세계를 완벽하게 속여넘긴 오카베는,

배에 칼을 맞고 피를 쏟으면서도 크리스에게 처절하고 짠한 작별 인사를 건네며 원래의 세계로 돌아와.

마침내 SERN의 디스토피아도, 제3차 세계 대전의 핏빛 참극도 없는 기적의 세계선 '슈타인즈 게이트'에 도착한 오카베.

한 달간의 병원 신세를 지고 퇴원해 동료들에게 라보멤 핀 배지를 나눠준 그는,

이 세계선에서는 자신과 함께했던 3주간의 기억을 전혀 가지지 못한 크리스를 다신 만날 수 없을 거라며 쓸쓸히 아키하바라 거리를 걸어가.

하지만 그때, 자신을 구해준 은인을 찾기 위해 두 달 동안 아키하바라 거리를 미친 듯이 헤매고 있던 크리스와 기적처럼 다시 눈이 마주치지.

오카베가 무심결에 던진 별명 "크리스티나"라는 말에,

기억도 없을 터인 크리스가 본능적으로 "크리스티나라 부르지 마!"라고 대답하며,

다른 세계선의 끈끈했던 기억과 영혼의 흔적이 여전히 살아있음을 증명해 내.

흘러내리는 눈물을 억누르며, 오카베가 그녀의 손에 라보멤 핀 배지를 살며시 쥐어주며 읊조리는 마지막 대사와 함께

이 피비린내 나고 처절했던 시간 여행의 막이 내려가.

"환영한다 내 조수, 마키세 크리스... 아니 크리스티나. 이것이 슈타인즈 게이트의 선택이다."